1926年安部藤夫在東京聖經書院受裝備時被呼召來台灣宣教,當時在台北就讀師範學校的花蓮阿美族青年吳德成在同族友人周峰永弟兄的介紹下到台北聖潔教會參加聚會信主。1927年吳德成信主後被呼召全職事奉,就到東京聖經書院受裝備,1931年畢業返回家鄉傳福音,在他的家創設第一間教會就是當今的仁里聖教會。吳德成與他的服事夥伴林嘉奏從台東開始向北到各部落傳福音,成立聚會所。二次大戰爆發,1941年吳德成被徵調當兵,這些聚會所的信徒紛紛到天主教或長老會的教會聚會。戰後吳德成返回家鄉,繼續與林嘉奏同工,從花蓮南部往北傳福音設立教會,倆人一起或個別創設的東台教區大部分的教會,這些教會大多是從家庭禮拜開始,這些教會依照年代有1948瑞西、1949馬立雲、1952月眉、1953掃叭頂(陳阿豐傳道家)、1954美崙、1955南昌、1956港口與北埔、1957鹽寮、1958水璉、1959光榮等十一間聖教會。
東台教區還有五間教會是由其他同工創造,為了供應教會的人力需要,1955年起,任誠信宣教士在仁里聖教會開設查經班訓練主的工人,也到各部落巡迴查經,最後設立了義工訓練班訓練傳道人,1958年第一批結業生投入服事的工廠。1964年義工訓練班轉型為東台聖經書院,成為中台神學院的分院,但是幾年後因為招不到學生而停止。東台聖經書院最後一任院長是威廉遜牧師,現在在美國肯塔基州過晚年的生活,他的兒子與孫子目前還在花蓮繼續宣教工作。
東台聖教會持續與遠東宣教會及日本聖教會保持良好的合作關係。1973年遠東宣教會派遣墨達克牧師來花蓮宣教比較約翰衛斯理的方式進行帳篷佈道,透過電影佈道帶領許多人信主。遠東宣教會宣教士威廉遜、夏韋恩、貝宗堂前後來到東部支援教務或牧養。1981年日本聖教會派遣平田次郎來到東台教區協助,至今,東台教區與國際宣教會(就是遠東宣教會)及日本聖教會仍然保持合作關係。國際宣教會長期以來持續資助中台神學院的運作,又無償提供一千五百坪的土地供東台教區使用。東台教區也經常到日本與日本聖教會教流、探望平田次郎與觀摩他的事工。